Supondo que seu botão esquerdo do mouse funcione e você não tenha alternado os botões nas configurações do mouse, parece-me que o seu problema é que você está clicando em um link (para que o botão esquerdo do mouse funcione corretamente) ), e que este link iniciaria outro aplicativo que você não pode ver porque está oculto pela janela do Firefox.
Você não pode simplesmente usar a combinação de teclas ALT-TAB para alternar o foco para o outro aplicativo?
Talvez parte do seu problema provavelmente aconteça porque você tem o Firefox maximizado, então você não pode mover a janela para chegar a outras janelas. Se você mover o mouse para o canto superior esquerdo, verá os 3 símbolos X _ e o símbolo quadrado (Sair, Minimizar e Maximizar) que você conhece nas janelas. Clicar no símbolo quadrado tornará sua janela do Firefox uma das muitas janelas na área de trabalho.