Se você executá-lo com o sudo, ele dará privilégios root (super usuário). Então você está executando como um usuário privilegiado. Se você rodar sem sudo, tudo bem.
Esta é uma pergunta de novato: por que o yaourt no Arch Linux sempre o avisa para "por favor, executar o yaourt como um usuário não privilegiado"? Estou executando o seguinte:
$ sudo yaourt <package-name>
... para instalar pacotes do terreno "User Repo".