Em poucas palavras,
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O kernel do Linux é executado no hardware. (init e outros processos essenciais começar)
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Após processos essenciais estarem em execução, o Kernel executa o X-server (outro conjunto de software).
- O ambiente de desktop, como o Gnome, o KDE, o DWM é executado usando o instalações fornecidas pelo X.
Tudo funciona em camadas.