É possível personalizar os ícones, embora de uma maneira circular. Você precisará abrir um snap-in do MMC, salve e crie um atalho. Eu geralmente pin o atalho para a barra de tarefas ou salvá-lo na área de trabalho. Você pode então alterar o ícone de atalho através de suas propriedades.
Você também pode achar útil usar todos os aplicativos dentro da mesma janela do MMC (isso é o que eu faço atualmente). Abra um novo console MMC (vazio) navegue até File
> Add/Remove Snap-in...
que abrirá outra janela que lhe permitirá adicionar as ferramentas necessárias. Isso pode não ser exatamente o que você está procurando, mas pode ajudar. Esta é a minha configuração atual do MMC: