Suspeito que você tenha alterado as configurações da caneta no aplicativo de configurações do Bamboo.
Você pode fazer com que ele funcione como uma caneta (posicionamento absoluto) ou como um mouse (posicionamento relativo) - acho que consegui isso no caminho certo.
O OneNote reconhece a presença de uma caneta automaticamente, pois é para isso que ela foi originalmente projetada.
UPDATE: Como sobre as configurações do OneNote. Dê uma olhada nas opções avançadas e verifique se a opção "Alternar automaticamente entre tintas, seleção, digitação e panoramização" está selecionada .
Desculpe a tentativa e erro. Não consigo usar meu Bamboo no Windows 8 e meu laptop com Windows 7 está bloqueado, portanto não posso usá-lo.