O arquivo está lá, só que é outra versão. Também está presente no índice de lançamento
-rw-r--r-- 1 lp_publish lp_publish 70366 Aug 26 01:03 php5-mysql_5.3.6-13ubuntu3.1_powerpc.deb
Este é provavelmente um antigo índice de apt, você precisa baixá-lo novamente, abrir um terminal e digitar
sudo apt-get update && sudo apt-get install php5-mysql
Certifique-se de que sua lista de pacotes esteja atualizada antes de tentar instalar o software.