Isso parece um problema físico. Os dados podem não estar corrompidos porque o firmware do disco pode mover dados de setores ruins para bons.
Se o disco estiver danificado e você executar o chkdsk, ele poderá incorretamente marcar os setores como ruins, os quais possuem dados.
Adicionando pontos de par: se você acredita que está perdendo dados em vez de executar operações estressantes como o chkdsk, eu executaria um programa de recuperação para puxar dados para uma boa unidade.