Eu não acho que você esteja nos contando tudo.
A única razão pela qual você precisaria de um proxy para tudo seria se estivesse em uma rede controlada. por exemplo. em uma organização como trabalho ou universidade. Seria útil se você incluísse essa informação.
O Chrome e o Internet Explorer usam as configurações da Internet encontradas no painel de controle do Windows e no painel Opções do Internet Explorer.
Eles também fazem uso do repositório de credenciais do Windows, que deve oferecer para salvar as credenciais quando você obter a caixa de diálogo para inseri-las - procure a caixa de seleção na parte inferior. Uma vez salvo, o Windows deve apresentar as credenciais sem problemas no futuro e você não deve vê-las. Se você ainda estiver vendo, algo está errado, atualize sua pergunta e poderemos ajudar ainda mais.