Talvez você tenha mais de um dispositivo de áudio? Não é incomum que o VGA tenha saída de áudio HDMI, por exemplo, e eu experimentei situações em que o controle de volume principal está configurado para controlar outro dispositivo.
Na caixa de diálogo de preferências, existe uma página chamada Saída. Se o dispositivo correto estiver selecionado, tente selecionar outro e depois voltar ao que você deseja usar e veja se isso ajuda.