O que você fez através dessas instruções é substituído pelo gerenciador de boot linux chamado grub, com o bootloader do windows. O bootloader do Windows não tem noção de poder inicializar em outros sistemas operacionais (aposto que você não está surpreso), mas o grub do bootloader do linux pode inicializar em muitos tipos de sistemas operacionais, então você deve manter o grub instalado.
Eu acho que seu problema original foi o tempo limite do GRUB ser muito pequeno. Quando voltar para a sua partição linux, edite /boot/grub/grub.cfg, encontre as linhas que dizem "set timeout = 1" ou algo similar. Esse é o tempo limite em segundos para a tela de seleção do sistema operacional do grub mostrar antes de escolher automaticamente a opção padrão para inicializar. Apenas mude isso para algo maior. Na minha instalação, há duas linhas:
terminal_output gfxterm
if [ "${recordfail}" = 1 ]; then
set timeout=-1
else
set timeout=10
fi
O tempo limite = -1 significa deixar a tela aberta (não selecionar automaticamente) após uma falha na inicialização, e o tempo limite = 10 é a espera padrão. Este arquivo é de propriedade do root, então você terá que usar o sudo para editá-lo. Se você não estiver familiarizado com isso, faça isso na linha de comando: "sudo pico /boot/grub/grub.cfg".
Você vai querer ter sua instalação do grub de volta. Inicialize em um CD ao vivo e siga as instruções para reinstalar o grub em um disco rígido. Você pode querer apenas google aqueles, eu não me lembro deles em cima da minha cabeça.