Sua chave para resolver esse problema é que as informações no diretório :set runtimepath?
Your ftdetect
devem estar abaixo de qualquer um dos locais listados, normalmente o primeiro, ~/.vim/
. Verifique se ainda há algo em seu ~/.vimrc
que modifica a configuração 'runtimepath'
.
O Pathogen instala todos os plug-ins em subdiretórios bundle/
separados; você precisa mover essas subárvores de volta para o único diretório consolidado para fazê-las funcionar novamente.