Sua chave para resolver esse problema é que as informações no diretório :set runtimepath? Your ftdetect devem estar abaixo de qualquer um dos locais listados, normalmente o primeiro, ~/.vim/ . Verifique se ainda há algo em seu ~/.vimrc que modifica a configuração 'runtimepath' .
O Pathogen instala todos os plug-ins em subdiretórios bundle/ separados; você precisa mover essas subárvores de volta para o único diretório consolidado para fazê-las funcionar novamente.