Para sempre desativar os marcadores de conflito, você pode configurar o algoritmo de mesclagem binária ( source ) :
$ git config merge.default binary
Como alternativa, o índice tem todas as versões diferentes; basta substituir sua cópia de trabalho com o que você deseja:
$ git checkout --ours <filename>
$ git checkout --theirs <filename>
$ git checkout-index -f --stage=1 <filename> # for the base
(Com Fugitivo você pode fazer isso diretamente a partir do Vim.)