A melhor maneira seria usar um Live CD , porque dessa forma você não inicializa o outro. SO e porque, sendo geralmente baseado no Linux, eles são capazes de reconhecer praticamente todos os sistemas de arquivos e, portanto, todas as partições que você tem em seu disco rígido.
Normalmente, a distro mais sugerida para esse tipo de coisa é o GParted , eu não acho que você possa encontrar uma ferramenta melhor.