Você deve descobrir quais tarefas o atd está executando e que estão consumindo muito tempo. Como o atd pode ser usado para executar todo tipo de coisa, desativá-lo pode desativar todos os tipos de serviços que você possa precisar (como backups periódicos ou algo assim).
Seu problema pode ser que algo está sendo executado com mais frequência do que deveria, ou reesuing em si.
Execute o comando atq como superusuário para ver que tipo de coisa está sendo enfileirada.