Como eu disse no meu comentário, a maneira mais fácil seria simplesmente usar um formato de arquivo que não suporta transparência, .jpg por exemplo. Se você precisa se ater ao .png, você pode usar convert
do pacote ImageMagick para remover o transparência:
for i in {2..9087}
do
sips -z 1024 -s format png fig${i}.pdf --out png/fig${i}.png
convert png/fig${i}.png -background=white -flatten +matte aa.png &&
mv aa.png png/fig${i}.png
done