Para responder a essa pergunta, precisamos realmente saber com o que você pretende usar as chaves, mas assumindo que seja PuTTY ou WinSCP:
Você precisa copiar a chave privada para sua máquina Windows e colocá-la em algum lugar seguro. Então vá para a página de download PuTTY ( link ) e pegue uma cópia do PuTTYgen. Exe. O PuTTYgen é para gerar pares de PPK no Windows, mas também pode ser usado para converter chaves privadas * nix no formato usado pelo PuTTY e seus derivados.
Execute o PuTTYgen, clique em Conversões - > Chave de importação e, em seguida, abra sua chave privada, digitando a senha, se solicitado. Por fim, clique em "Salvar chave particular" para salvar a chave convertida em algum lugar seguro. Se desejar, você pode excluir a versão * nix da chave privada do seu computador Windows.
Para usar a chave privada no PuTTY, vá para Conexão - > SSH - > Autenticação. No WinSCP, você adiciona o arquivo de chave privada ao configurar uma nova sessão ou ao destacar um já existente na lista e clicar em "Editar".