Resposta curta:
Os links não serão removidos.
Resposta mais longa:
Simbólico links e pontos de junção são parte do sistema de arquivos NTFS. Suas informações não são armazenadas em nenhum arquivo de configuração e a remoção do programa que foi feito não as alterará.
Se você quiser, pode compará-lo a jogar fora uma caneta depois de escrever um livro. O livro não se tornará subitamente não escrito.