Após uma instalação limpa do 11.04, não vejo mais o indicador ocupado do cursor do mouse, exceto a primeira inicialização. Eu tenho que verificar a luz de ocupado do disco rígido toda vez (para o qual eu tenho que olhar debaixo da mesa, o que é chato). Outros cursores estão bem.
Alguma ideia de como posso resolver esta situação estranha?
Talvez nada no seu sistema tenha acionado o cursor "ocupado". Algumas alterações que ocorreram no 11.04 (como a maneira como o kernel manipula os processos) podem tornar muito menos provável a visualização do cursor ocupado. Pessoalmente só vejo em raras ocasiões.
Eu acho que é um bug no Unity 3D. A solução é adicionar StartupNotify=true sob o [Desktop Entry] no seu arquivo .desktop .