Esta é uma resposta incompleta, mas ...
Eu acredito que você pode realmente ter "overcleaned" seu registro. O registro não é algo com o qual você deve brincar muito, a menos que você realmente saiba o que está fazendo.
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Se for um malware, uma boa e completa verificação na inicialização de qualquer bom programa de segurança deve funcionar bem. Eu pessoalmente gosto do Avast! Grátis ( link ). Mas duvido que este seja o problema.
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Sua solução mais fácil e à prova de falhas é usar um ponto de restauração do Windows antes de começar a brincar com o registro. Você tem um?
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A execução da ferramenta de reparo do Windows pode resolver seu problema. Eu acho que você pode executar isso a partir do disco de instalação do Windows.
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Talvez a execução de um utilitário de atualização automática de driver de terceiros solucione o problema, fazendo com que seu sistema seja "ah, mas EU TENHO DISPOSITIVOS!" Mas duvido disso.
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Esta página parece ter boas dicas para corrigir problemas de registro: link
Acho que você deve se manter mentalmente preparado para uma necessidade eventual de formatar seu computador e reinstalar o Windows. Problemas de registro são problemas sérios, especialmente se você não tiver certeza do que fez (os programas fizeram a limpeza e provavelmente não sabe tudo o que eles fizeram precisamente), e ainda mais especialmente se você não for profissional.
Não posso garantir que você consiga corrigir o problema ou que algo dramático não aconteça ao tentar corrigi-lo. Provavelmente não - de acordo comigo, ou você vai consertar, ou você não vai, mas não terá nenhum efeito - mas talvez.
Portanto, isso pode ser considerado excessivamente prudente, mas acho que você deve fazer backup de seus arquivos essenciais antes de continuar. Apenas no caso de. Porque brincar com o registro é como brincar com fogo.
"independentemente do seu nível de habilidade, você pode inadvertidamente fazer uma alteração no registro que destruirá o Windows", diz a página que eu vinculei.