Eu não escolheria nem remodi-los para um contêiner MPEG-4 Parte 14 (ISO / IEC 14496-14) (conhecido como "MP4").
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O Formato de arquivo do QuickTime (QTFF) foi a base para o MP4. Eles oferecem (mais ou menos) o mesmo suporte para codecs de vídeo, áudio e legendas. No entanto, você encontrará muitos dispositivos incapazes de ler arquivos MOV. A reprodução nativa de arquivos MOV em versões anteriores do Windows não é possível, por exemplo.
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Matroska , embora seja de código aberto, não é padronizado pela ISO. Isso pode não importar realmente - e, na verdade, é um padrão aberto -, mas o suporte à reprodução de dispositivos para arquivos MKV está apenas captando muito lentamente. É um formato de contêiner promissor, mas você provavelmente nunca o verá sendo usado para qualquer aplicativo real, além de compartilhar vídeos na Web.
Pense na transmissão DVB, que usa o MPEG-2, o DVD, que também usa o MPEG-2, ou discos Blu-ray, que usam vídeo MPEG-4 Part 10 (AVC). Todas as câmeras de vídeo gravam algumas variantes do vídeo MPEG-4 atualmente e usam formatos de armazenamento definidos em MPEG-4 ou strongmente relacionados a eles (por exemplo, AVCHD).
Iniciativas recentes trouxeram à tona a discussão sobre patentes de software em vários codecs de vídeo e áudio, especialmente no que diz respeito a Vídeo HTML5 - mas isso não é realmente um problema com formatos de armazenamento como o MP4.