Com base nas informações que você forneceu, eu suspeito que isso possa ter sido feito com a diferença nas terminações de linha usadas no * nix e no Windows. Confira esta página na Wikipedia.
Você pode confirmar se a terminação de linha está causando o problema, inspecionando-a usando um utilitário que pode despejar os caracteres ascii. No Ubuntu você pode usar hexdump
hexdump <filename>
E aqui está um exemplo que ilustra a diferença entre os finais de linha entre os dois sistemas. O arquivo de entrada é um arquivo de texto simples chamado sample.txt com as palavras line1 e line2 em linhas separadas
$ cat sample.txt
line1
line2
Saída do exemplo.txt criado em um sistema Linux
sample.txt:
00000000 6c69 6e65 310a 6c69 6e65 320a line1.line2.
Saída do exemplo.txt criado em um sistema Windows
sample.txt:
00000000 6c69 6e65 310d 0a6c 696e 6532 0d0a line1..line2..
Para converter entre os tipos de finais de linha, tente dos2unix ou fromtodos .