Esta não é uma ótima solução, mas você pode usar o AutoHotKey (ou qualquer outra linguagem de script) para verificar e desmarcar automaticamente a caixa sempre que inicializar. Muito hacky, mas melhor que nada.
Este é um problema que me incomoda há algum tempo. Cerca de um ano atrás, a rolagem de dois dedos no Windows 7 no meu Macbook Pro parou de funcionar. Eu descobri que uma correção para isso é abrir Bootcamp no painel de controle, vá para a guia Trackpad, marque e desmarque "Toque para clicar" e clique em OK. Isso tem que ser feito toda vez que a máquina for acordada ou reiniciada. Agora estou usando o Windows 8 e encontrando o mesmo problema.
Eu tentei várias revisões de drivers diferentes e nenhuma delas ajudou. Estou farto de passar pelos movimentos. Alguém tem uma solução para isso?