Resposta curta mas irritante: reinicie (ou talvez faça logout) depois de instalar novos aplicativos até que este bug seja corrigido.
Resposta mais longa:
Acabei de instalar o Chromium hoje (nada de errado com o Firefox, mas também preciso usar o Chromium para trabalhar) e fiquei frustrado porque não consegui maximizar meu segundo monitor! Eu poderia movê-lo para o segundo monitor, mas se eu batesse no botão de maximizar a janela, ele pulava para o monitor principal (maximizado). Por causa dos problemas que descrevi acima (com PG Admin e Pidgin).
Olhei para o ícone do lançador e vi que isso não indicava que o Chromium estava sendo executado. Clicar no lançador abriu uma nova janela do Chromium. Por um capricho eu reiniciei o computador (talvez poderia ter acabado de sair), e ... ambos os problemas foram resolvidos! O cromo maximiza e o lançador sabe que está em execução. Espero que não tenha aparecido no switcher, mas esqueci de tentar isso.
Eu deixei o mundo do Windows há 12 anos e não olhei para trás. Uma coisa que tem sido legal com o Linux é raramente ter que reiniciar o computador para "consertar" qualquer coisa. Mas hoje parece que estou tendo um mau retorno do Windows. Ainda tentando ser paciente com a Unidade.
Portanto, parece que há um bug que ocorre apenas para programas recém-instalados. Eu não sei se é algo nos scripts de instalação ou se o Unity pode ser culpado por não descobri-los, mas eu nunca tive esse problema com o Gnome clássico. Acompanharei esta página assim que instalar outro aplicativo GUI e relatar se isso acontece com todos os novos aplicativos ou apenas com determinados aplicativos. Eu provavelmente também deveria registrar um bug, mas tenho a sensação de que ele já deve ter sido informado ... se eu pudesse encontrar os termos de pesquisa corretos.