Eu finalmente percebi isso. Do terminal, iniciei gnome-session-properties . Isso mostra "Startup Application Preferences", onde na aba "Startup Programs" eu adicionei um item com xinput set-prop 13 132 0 como um valor do campo "Command:".
Para completenes - como encontrei os números acima? Usando xinput list , encontrei o id do meu Touchpad (id = 11 no meu caso). E usando este id xinput list-props 11 eu encontrei a opção para ativar / desativar o dispositivo tem o número 132, o significado do valor 0 desativado.