Tornando seu sistema de arquivos raiz somente leitura, como em A resposta de Eric Seppanen , é uma excelente sugestão.
Para unidades de estado sólido e pen drives, o registro no diário pode não ser uma boa ideia; os tempos de busca mais rápidos das unidades significam que o ganho de desempenho do registro em diário é menos perceptível, e o registro em diário significa gravações extras, o que significa menos vida útil do disco. Veja esta pergunta do Slashdot e especialmente estes comentários para discussão.