A maioria dos terminais permite que você defina um tamanho para a saída, por exemplo:
set terminal png size 400,500 #size in pixels
set output "foo.png"
Você pode tentar brincar com o tamanho do terminal de saída para ver se consegue fazê-lo funcionar. Você também pode usar set size
e set origin
para tornar seu gráfico um pouco menor do que seria normalmente e movê-lo na "tela", se necessário. Por fim, se tudo mais falhar, você poderá definir suas margens explicitamente:
set tmargin at screen 0.9 #top
set bmargin at screen 0.1 #bottom
set lmargin at screen 0.1 #left
set rmargin at screen 0.9 #right