Acho que você está alterando o conjunto de ícones errado. Para cada ícone, há cerca de cinco deles, todos em diferentes resoluções. Como os ícones na notificação são muito pequenos, eles usam uma das resoluções menores. Se você usar o reshacker, poderá alterar os diferentes ícones.
Editar # 1: Se você vai mudar o tamanho dos ícones no Explorer (a visão) você deve ver os ícones mudando de cor.
Editar # 2: percebo que o cromo funcionou. O que você pode fazer é clicar com o botão direito do mouse nos ícones da barra de tarefas (os ícones principais) e fazê-lo novamente no nome dos ícones, em seguida, selecione as propriedades e altere-as lá. Quanto aos ícones é a área de notificação, você pode apenas escondê-los.
Editar # 3: Desculpe, o acima é um erro. O que você precisa fazer é criar um atalho, depois mudar o ícone, arrastá-lo para a barra de tarefas. Você pode então excluir o atalho na sua área de trabalho.