Você pode perguntar a dpkg sobre todos os pacotes que devem ter um arquivo nesta pasta por
$ dpkg -S /etc/samba
em seguida, emitindo
# apt-get install --reinstall package1 package2 ...
deve reinstalar esses pacotes e, portanto, restaurar os arquivos de configuração.
Você também pode querer dar uma olhada em etckeeper , uma ferramenta para manter /etc em um repositório git (e portanto, recupere-se facilmente de erros como os acima).