Qualquer chance de você não ser não em um sistema de arquivos nativo , mas, por exemplo, um sistema de arquivos FAT (Windows)?
Se assim for, as permissões de execução são supostas para não funcionar, já que o sistema de arquivos não possui suporte para permissão adequada. Isso é chamado de noexec
e eu recomendo não alterá-lo. Caso contrário, você abre as portas para hackers.
Use o Ubuntu openjdk-7 . É muito melhor suportado que a versão do Oracle:
Você só recebe atualizações de segurança automáticas se usar a versão empacotada.
Mais uma coisa:
NUNCA FAÇA JAVA WRITABLE PARA OS USUÁRIOS
-rwxrwxrwx 1 500 500 5654 Apr 12 2012 java*
isto diz "qualquer usuário pode modificar (= hackear, infectar vírus etc.) o seu java". NÃO FAÇA ISTO. Mantenha as permissões de gravação sob o controle mais rigoroso possível.