Você pode instalar a versão normal do Waterfox, você não precisa da versão portátil para separar os dados.
Clique com o botão direito do mouse no atalho Waterfox, acesse Propriedades e adicione -P
no final do destino. Em seguida, abra o atalho e ele deve abrir o gerenciador de perfis. Todas as suas configurações e dados pessoais são armazenados em perfis. Você precisa criar um novo para a Waterfox. Depois de ter feito um novo (lembre-se do nome!), Feche o Waterfox, clique com o botão direito no ícone do Waterfox novamente, volte para Propriedades e adicione o nome do seu perfil ao final do alvo em marcas de fala junto com -no -controlo remoto. Por exemplo, agora ele deve dizer algo como: -P "Waterfoxprofile" -no-remote
(certifique-se de usar seu próprio nome de perfil).
Faça exatamente a mesma coisa com o seu outro atalho do Firefox (certifique-se de especificar o nome do outro perfil, NÃO o da Waterfox). Agora você tem dois atalhos diferentes para dois navegadores diferentes, cada um deles abrindo seu próprio navegador com um perfil diferente (que possui dados diferentes).