As aplicações transferidas através da iTunes Store destinam-se a dispositivos iOS, não ao seu Mac (não apareceriam no Launchpad nem em /Applications/ . Pode encontrar a localização da sua biblioteca do iTunes abrindo o iTunes e indo para Preferences > Advanced . Dentro dessa pasta, você deve ver uma pasta Mobile Applications , onde todos os aplicativos são armazenados.
Se você quis dizer a Mac App Store, é possível que o download do aplicativo tenha sido interrompido. Se você for para a guia Purchases , todos os aplicativos que você comprou serão listados e você poderá baixar e instalar qualquer um que ainda não esteja marcado como tal.