Estou assumindo que, no momento, a incapacidade de executar arquivos jar é o único problema.
Você terá que mexer com o registro para corrigir isso.
Navegue até HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\jarfile\shell\open\command
e verifique o valor lá.
Por exemplo, o meu lê "C:\Program Files\Java\jre7\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*
Verifique se o caminho para javaw.exe
é válido e corrija se necessário. Deve funcionar depois disso.