Eles são dois comandos não relacionados. Se você executar man apt no seu Mac, parece ser uma ferramenta para o desenvolvimento em Java. Na página man :
DESCRIPTION
The tool apt, annotation processing tool, includes a set of new reflective APIs and supporting infrastructure to process program annotations. The apt reflective APIs provide a build-time, source-based, read-only view of program structure. These reflective APIs are designed to cleanly model the JavaTM programming language's type system after the addition of generics.
man , no entanto, é a mesma ferramenta em ambas as plataformas, por isso é um recurso útil, independentemente do seu nível de conhecimento. A execução de man <command> exibirá a ajuda associada a esse comando.