Bem, encontre o que você pediu. Encontrou todos os arquivos e moveu todos os arquivos. A menos que você tenha algum tipo de referência para olhar (backup, archive) eu acredito que é quase impossível restaurar a estrutura original porque, até onde eu sei, sistemas de arquivos não têm uma opção reversa para mover arquivos.
No futuro, pode ser sábio preparar um "eco" para o comando, para que você veja o que acontecerá antes de executá-lo. Neste caso em particular, o que você queria fazer poderia ser alcançado com mv dir/* tar-dir
ou:
find /path -type d -maxlevel 1 -exec -->echo<-- mv {} /dest/ \;