Em um prompt de cmd, isso deve ser feito:
dir /b /s c:\directory\ | Findstr /V /I .svn > output.csv
Se você estiver no Windows 7/8 ou tiver instalado o Powershell, sugiro que o aprenda. Em Powershell você faria algo como:
Get-ChildItem . -exclude *.svn -recurse | Select-Object Name | Export-CSV .\output.csv -NoTypeInformation