O problema que você está enfrentando é que você não pode modificar permissões em arquivos em uso pelo sistema operacional. O outro problema que você enfrentará com essa abordagem é que não é possível alterar permissões em arquivos aos quais você não tem acesso, ou obter um prompt do UAC para acessar.
A "solução" aqui é acessar o disco quando ele não está executando um sistema operacional. Você faz isso montando o disco como uma unidade secundária ou inicializando em outro ambiente que permita acessá-lo sem inicializá-lo (LiveCD do Linux, WinPXE, etc.).
Depois disso, será necessário take ownership
de todos os arquivos, pastas e subpastas no disco para que você possa alcançar o que deseja alcançar, permitindo Full Control
de todos os arquivos, pastas e subpastas no disco.
Como é recomendado nos comentários, você realmente deveria estar nos dizendo o que está realmente tentando fazer, porque não consigo pensar em quase nenhuma razão para precisar ou alterar universalmente as permissões em todos os arquivos e pastas uma unidade do sistema Windows, e isso fará com que você solucione os problemas.