Devo sair no AHCI?
Sim. Ele permite que você acesse os recursos de desempenho do disco rígido que o IDE simplesmente não possui.
Existe alguma desvantagem em mudar após a instalação do Windows 7 e dos drivers do chipset?
SIM. Ajustar isso após a instalação, enquanto possível, deve ser feito com muito cuidado, potencialmente requer muitas alterações no registro do Windows, depende do seu chipset, e eu, como um usuário experiente, consegui fazer um sistema -bootable fazê-lo.
Tanto quanto eu estou preocupado, não há absolutamente nenhuma razão para usar o modo IDE, a menos que o seu disco rígido ou placa-mãe simplesmente não suporta AHCI.