O gEdit mais antigo usava arquivos de configuração ( %gconf.xml ) nos diretórios ocultos sob o ~home . O novo gEdit (v. 3. **) usa dconf/gsettings backend e, como tal, não usa mais arquivos de configuração para carregar o editor prefs. Você pode usar dconf-editor ou gsettings (CLI) para alterar as preferências do gEdit.
No seu caso, para desativar o envoltório de linha, abra um terminal e execute:
gsettings set org.gnome.gedit.preferences.editor wrap-mode none
ou acione dconf-editor e navegue até org > gnome > gedit > preferências > editor e no painel direito você verá a chave wrap-mode (deve ser a última). Clique e mantenha o valor alterado para 'none' (ou GTK_WRAP_NONE em alguns sistemas).