A solução para este problema foi rastreada através de comentários para a questão em si, mas no caso de alguém se deparar com algo semelhante, este seria o caminho para corrigi-lo.
O problema com o programa de instalação não poder ver unidades ou partições pode estar relacionado a ele não ter acesso a um driver AHCI ou RAID adequado. O Windows 8 suporta algumas configurações, mas outras exigem um driver.
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Acesse um sistema Windows 7 (ou Vista, ou XP) em execução na máquina que você deseja instalar, através do gerenciador de dispositivos, encontre o controlador SATA (AHCI ou RAID também pode estar em seu nome). Por exemplo, neste caso em particular, foi "Controladora Intel® Desktop / Workstation / Server Express Chipset SATA RAID".
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Faça o download dos drivers para o seu controlador SATA ou RAID, será necessário incluir um arquivo INF e alguns arquivos de catálogo e sistema. Copie-os para um dispositivo USB e reinicie a inicialização do computador na instalação do Windows 8.
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Quando chegar ao estágio em que você precisa selecionar onde deseja instalá-lo, conecte o pendrive USB (de preferência em uma porta USB 2.0, mas acredito que o Windows 8 também tenha suporte nativo para o USB 3.0) e carregue o driver da pasta que o contém.
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Depois disso, o Windows deve poder acessar as unidades e partições e a instalação deve continuar normalmente.
Quando o driver para acessar o sistema de armazenamento não está presente por padrão no DVD de instalação, a instalação do Windows já em execução no sistema não é recomendada e pode falhar. A razão é que, embora as janelas tenham acesso à unidade, a nova não será usada e, após a reinicialização, poderá levar a ciclos de reinicialização infinitos.