Tanto quanto eu posso ver, uma instalação nativa terá o melhor desempenho. Com a virtualização, você também pode obter um bom desempenho.
Para o caso de virtualização, verifique esta questão no Unix & Linux: Qualquer motivo para NÃO executar o Linux em uma VM o tempo todo? . Se o seu hardware é suficientemente poderoso (uma boa quantidade de RAM, principalmente), não deve haver nenhum problema.
Quanto ao Wubi, a instalação do Wubi pode ter um pequeno desempenho se a partição estiver fragmentada (o Wubi é instalado em uma "imagem de disco") e também pode ser danificado se a partição do Windows for corrompida.