Clique com o botão direito do mouse em um arquivo .js, abra suas propriedades, adicione node.js como um aplicativo Open With e selecione-o como padrão.
EDITAR:
Parece que versões mais recentes de alguns DEs (sim, GNOME, estou vendo VOCÊ ...) removeram a opção para fazer isso. Usar xdg-mime
na linha de comando informará como gravar o arquivo XML apropriado para associar o aplicativo ao tipo de arquivo e como associá-lo. Veja xdg-mime --manual
para detalhes.