Você pode cortar manualmente o áudio com o Audacity. O Audacity pode remover Cliques e Ruídos automaticamente, mas não tenho certeza se pode aparar automaticamente (com o plugin Nyquist chamado Trim Silence, é possível ).
About Audacity
Audacity is a free, easy-to-use and multilingual audio editor and recorder for Windows, Mac OS X, GNU/Linux and other operating systems. You can use Audacity to:
Record live audio. Convert tapes and records into digital recordings or CDs. Edit Ogg Vorbis, MP3, WAV or AIFF sound files. Cut, copy, splice or mix sounds together. Change the speed or pitch of a recording. And more! See the complete list of features.
EDIT: Possíveis duplicatas podem ser encontradas aqui ...
In Audacity there's a Nyquist plugin called Trim Silence, download it here: http://forum.audacityteam.org/viewtopic.php?f=42&t=59370
Outras soluções possíveis (do link acima):
mpTrim & dBpoweramp Music Converter (dMC)