Não se pensaria que o Windows permitiria que partes críticas de si fossem colocadas na Lista de programas instalados (Adicionar / Remover) com a desinstalação a um clique de distância. Eu nunca ouvi falar que o .Net Framework é de alguma forma essencial. Se você realmente quer se livrar dele, aconselho usar o método de desinstalação normal, em vez de simplesmente excluir os arquivos e sair uma bagunça profana de referências de registro pendentes por trás.