O tempo limite existe. Por padrão, 5 segundos após você digitar qualquer coisa, a caixa de pesquisa desaparecerá.
Infelizmente, como acontece com muitas variáveis do Gnome, esse tempo limite é embutido no Nautilus, então não há uma maneira fácil de corrigir isso. A única maneira que eu conheço é baixando a fonte, editando e recompilando o Nautilus .Essas instruções não são difíceis de seguir e devem funcionar.