Supondo que você deseja arquivos zip,
cd /mydir/foo
find . -type d -d 1 -exec zip -r {} {} \;
Isso criará um arquivo zip para cada diretório em / mydir / foo.
EDITAR: o que esta linha de comando faz (lembre-se de nunca copiar e colar um comando do terminal que você não entende, é perigoso)
find . -type d -d 1 -exec xxx
encontrará todos os itens dentro. (no nosso caso / mydir / foo), do tipo d para o diretório, então execute o comando xxx
zip -r {} {}
é simplesmente o comando zip, (sinta-se livre para adicionar as opções necessárias, -r significa recursivo), usando como primeiro argumento (arquivo zip) e segundo (fonte) a string especial {} que é alimentada por find com toda combinação. \; é simplesmente um terminador para informar que o comando -exec acabou, escapou corretamente para não ser mal interpretado pelo shell