Há apenas uma configuração que eu precisava mudar do padrão; a linha http_port. Dos sons, você quer fazer o que eu configurei; desviar automaticamente o tráfego através do squid como um proxy transparente. Para isso, a linha deve ser:
http_port 3128 transparent
Eu também uso o dansguardian no meu sistema, então minhas regras do iptables podem não funcionar para você, mas você precisará usá-lo para direcionar o tráfego proveniente da sua rede através do squid e para a internet. Algo parecido com isto:
#!/bin/sh
# squid server IP
SQUID_SERVER="10.0.0.1"
# Interface connected to Internet
INTERNET="bond0"
# Interface for 10.0.0.1
LAN_IN="bond1"
# Dansguardian port
DG_PORT="8080"
#DG_PORT="3128"
echo "Applying proxy rules for packets routing through $LAN_IN -> $SQUID_SERVER:$DG_PORT"
# DO NOT MODIFY BELOW
# Clean old firewall
iptables -F
iptables -X
iptables -t nat -F
iptables -t nat -X
iptables -t mangle -F
iptables -t mangle -X
iptables -P INPUT DROP
iptables -P OUTPUT ACCEPT
# Unlimited access to loop back
iptables -A INPUT -i lo -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -o lo -j ACCEPT
# Allow UDP, DNS and Passive FTP
iptables -A INPUT -i $INTERNET -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
# set this system as a router for Rest of LAN
iptables --table nat --append POSTROUTING --out-interface $INTERNET -j MASQUERADE
iptables --append FORWARD --in-interface $LAN_IN -j ACCEPT
# unlimited access to LAN
iptables -A INPUT -i $LAN_IN -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -o $LAN_IN -j ACCEPT
# port forwarding
# HTTP (example)
iptables -t nat -A PREROUTING -i $INTERNET -p tcp --dport 80 -j DNAT --to 10.0.0.1:80
iptables -A INPUT -p tcp -m state --state NEW --dport 80 -i $INTERNET -j ACCEPT
# Divert traffic for external web pages through squid (dansguardian)
iptables -t nat -A PREROUTING -i $LAN_IN -p tcp --dport 80 -j DNAT --to $SQUID_SERVER:$DG_PORT
iptables -A OUTPUT -p tcp -o $LAN_IN --dport 80 -j ACCEPT
Eu tenho uma versão mais detalhada deste script em meu /etc/network/if-up.d/proxyrules. Alguns ajustes devem deixá-lo feliz e em movimento.
Outra configuração do Squid com a qual você pode precisar mexer é ACLs; permitindo que as pessoas acessem seu servidor proxy. O meu funciona com o padrão, mas você pode precisar modificar esta seção para contornar um erro de "acesso negado" do Squid.