Parece que você tem um problema de .bashrc e .bash_profile. Meu palpite é que as configurações estão sendo definidas em .bash_profile em vez de .bashrc. Quanto às cores, suponho que você queira dizer as cores na saída do comando ls.
Você provavelmente tem uma linha como essa em seu arquivo ~ / .bash_profile:
alias ls='ls --color=tty'
Tente colocar essa linha no seu arquivo ~ / .bashrc. Para mais informações sobre .bashrc e bash_profile, o login e os shells interativos dão uma olhada aqui .
EDIT: Você diz que apenas arquivos /etc/profile.d são lidos na primeira sessão. Isso é o que eu esperava. Seu terminal parece tratar a primeira guia aberta como um prompt de login e os outros como prompts interativos. Um truque fácil é criar um arquivo .profile no seu diretório $ HOME e chamar ~ / .bashrc de lá:
# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
# include .bashrc if it exists
if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
. "$HOME/.bashrc"
fi
fi