No Windows, o novo processa as alterações na variável de ambiente imediatamente.
No entanto, seu problema provavelmente não tem nada a ver com variáveis de ambiente. A versão Windows do JRE coloca executáveis como java.exe , javaw.exe na pasta system32, portanto, a menos que você tenha seu JDK antes de %windir%\system32 em seu PATH, sempre estará executando o JRE.
Eu normalmente excluiria aqueles no system32 e faria meu caminho apontar para a instalação correta da JVM.