Se o win32 disk imager precisar apenas de uma letra de unidade para saber qual dispositivo bruto acessar, você pode fornecer uma letra de unidade às partições SDcard instalando um driver para o ext2 FS no Windows .
Pessoalmente, eu apenas colocaria em um host unix (seja real, em uma VM ou através de um liveCD), porque é a maneira de menor resistência e é mais provável que funcione.