O Imagemagick tem uma ferramenta "montagem" para fazer isso. Está disponível para Unix, Linux, Mac e Microsoft-Windows.
montage font_[0-9].gif -geometry 16x16+1+1 tile_0.gif
O + 1 + 1 é o intervalo (na verdade, borda vazia) entre as imagens componentes, você pode definir isso como zero.
